Der dreißigjährige Krieg führt zu erheblichen Belastungen für die Stadt. Im Jahr 1632 (31. Oktober bis 05. November) hält sich der Schwedenkönig Gustav Adolf mit seinen Truppen vor den Stadtmauern auf. Der König wohnte während dieser Zeit im Gasthaus “Zum Scheffel” (heute Salztorschule). Ein Teil der Truppen lag mit großer Wahrscheinlichkeit aber im Bürgergarten.
Im Bürgergarten gibt es heute noch Steilhänge und Wanderwege in denen sich die Schwedischen Soldaten aufgehalten haben.
Wenige Meter den Steilhang herab wurden schwedische Münzen gefunden. Man kann somit davon ausgehen, dass hier 1632 schwedische Soldaten gelagert waren, die wenige Wochen später in die Völkerschlacht bei Lützen eingebunden wurden.
Von Naumburg aus zog der Schwedenkönig Gustav Adolph in die Schlacht bei Lützen, bei welcher er schwer verletzt wurde und später seinen Verletzungen erlag. Sein Page Adolf von Leubelfing (in den Kirchenbüchern als Augustus von Löwenfink bezeichnet) ist in der Naumburger Wenzelskirche begraben wurden.
Der Krieg, aber vor allem Plünderungen führten dazu, dass die einst reiche Stadt total verarmt ist und hierdurch in ihrer Entwicklung weit zurück geworfen wurden ist.